Apartenența Bisericii Ortodoxe din Moldova la Patriarhia Moscovei, care susține războiul Rusiei în Ucraina, are drept consecință reducerea popularității și a încrederii în biserică și este echivalentă cu dispariția acesteia de pe scena religioasă și socială a Moldovei. Afirmația aparține mitropolitului Vladimir, care a adresat o scrisoare Patriarhului rus Kiril, în care inclusiv s-a plâns de ignorare din partea patriarhiei, în timp ce Mitropolia Basarabiei se bucură de susținere atât a autorităților moldovenești, cât și a României și „va obține restabilirea drepturilor sale istorice”. În investigația PREOȚI FĂRĂ VIZĂ DE REȘEDINȚĂ, Anticoruptie.md a semnalat o tendință îngrijorătoare care ia amploare în ultima vreme în localitățile din Republica Moldova – prigoana preoților care vor să treacă de la Mitropolia Moldovei, subordonată canonic Patriarhiei Ruse, la Mitropolia Basarabiei. Cei care și-au declarat desprinderea sunt nevoiți, la propriu, să slujească în stradă, așa cum, odată cu caterisirea, sunt scoși din biserici și diabolizați. În același timp, reprezentanții Mitropoliei Moldovei declară că subiectul este unul tratat cu subiectivism de mass-media, iar reprezentanții Ministerului Culturii nu exclud că unele contracte încheiate cu Mitropolia Chișinăului și Întregii Moldove ar putea fi renegociate de la zero, cu participare mai largă.

În scrisoarea sa, transmisă încă în septembrie, dar apărută în presă pe 20 octombrie, Mitropolitul se plânge de ignorarea de către Patriarhie, atunci când aceasta nu a răspuns la solicitările de a compensa facturile pentru gaz sau când ia decizii „ignorând și evitând” conducerea Mitropoliei Moldovei. „În Rusia, atât autoritățile laice cât și cele bisericești ne-au tratat și ne tratează ca pe un popor periferic și fără coloană vertebrală, lipsit de dreptul de a lua deciziile pe care le consideră necesare pentru bunăstarea și prosperitatea sa”, a scris Mitropolitul Vladimir. 

La fel, Mitropolitul menționează dorința Patriarhiei ruse „de a absorbi Mitropolia Moldovei în așa-numita „Lume Rusă”, care este străină aspirațiilor și valorilor noastre naționale” și care este o continuare a politicii dure de denaționalizare din perioadele țaristă și sovietică, în timp ce poporul din Moldova are rădăcini latine și e normal să aspire să se apropie de alt spațiu civilizațional.

Mitropolitul recunoaște că și-a dorit suportul Patriarhiei ruse inclusiv pentru a-i împiedica pe preoți să fie tentați de statul român, care le oferă salariu, asigurare, pensii, iar parohiile sunt scutite de contribuții trimestriale. Mitropolia Basarabiei este sprijinită de Patriarhia Română, de Republica Moldova și România și „a demonstrat că este o forță care nu mai poate fi oprită și care, se pare, că dorește și va obține restabilirea drepturilor sale istorice, iar Mitropolia Chișinăului și a Moldovei este doar un element secundar și inutil pe scena religioasă, socială și culturală a țării noastre”, a scris Înaltpreasfințitul.