Antrepozitele vamale, un fel de zone libere unde agenții economici își pot depozita mărfurile  fără aplicarea drepturilor de import şi măsurilor de politică economică sau a mărfurilor autohtone destinate exportului, sunt folosite în tranzacții nu tocmai ortodoxe. Constatarea a fost făcută de Curtea de Conturi, care a recomandat mai multă vigilență și supraveghere, dar și ajustarea cadrului legal.

Raportul Curții de Conturi exemplifică prin cazul unui agent economic care a importat 400 de autoturisme de lux cu valoarea de aproape 693 milioane de lei și le-a plasat în „antrepozitul vamal”. Ulterior, au fost schimbați proprietarii, iar autoturismele au fost reexportate în alte țări, cu valoarea de 846 milioane de lei sau cu 153 de milioane de lei mai mult decât valoarea statistică la intrarea în antrepozitul vamal. La unele autoturisme de lux cu valoarea de 100 milioane de lei, țara tranzacției a fost Emiratele Arabe Unite, care nu implementează standarde internaționale de transparență.

Prin regimurile vamale nominalizate au fost importate din Italia și ulterior reexportate medicamente în valoare de 837 milioane lei, preponderent în Federația Rusă, țara tranzacției fiind Malta și Emiratele Arabe Unite.

Curtea de Conturi a stabiit că activitatea unor antrepozite vamale cu plasarea mărfurilor în regimul zona economică liberă și ulterior efectuarea reexportului, cu efect de suspendare totală sau parțială a drepturilor de import/export, necesită o monitorizare strictă din partea organului vamal, iar lacunele din cadrul legal existent trebuie înlăturate. Contrar legii, unii deținători de antrepozite vamale nu au prezentat organului vamal dările de seamă privind evidența mărfurilor antrepozitate, nu au asigurat funcționalitatea sistemelor de supraveghere video ale antrepozitului pentru care Serviciul Vamal a retras 4 autorizații de antrepozitare, inclusiv o autorizație a fost retrasă din cauza neregulilor admise cu armele de uz civil și muniții, iar la 5 operatori economici autorizațiile de antrepozitare au fost suspendate.

Din cauza imperfecțiunii cadrului legal, și anume a unor prevederi din Codul vamal, care contravin Legii privind reglementarea prin autorizare a activității de întreprinzător, instanțele de judecată acordă câștig de cauză deținătorilor de antrepozite vamale în cazurile suspendării, retragerii și reluării valabilității autorizației de antrepozitare, eliberate de către organul vamal. S-a constatat o neconcordanță între unele prevederi din Codul vamal și din Regulamentul de aplicare a destinațiilor vamale prevăzute de Codul vamal, aprobat prin Hotărârea Guvernului nr.1140 din 02.11.2005. Astfel, conform Codului vamal, regimul vamal suspensiv „antrepozit vamal” poate să se încheie prin plasarea sub o altă destinație vamală dintre care - plasarea mărfurilor într-o zonă liberă, iar conform Regulamentului nominalizat lipsește destinația vamală - „zonă economică liberă”, pentru încheierea regimului vamal de antrepozitare.