Colegiul civil, comercial și de contencios administrativ al Curții de Apel Chișinău nu a dat curs cererilor de apel depuse de Ministerul Justiției și Procuratura Anticorupție în cauza magistratei Domnica Manole, care a cerut prejudicii morale de un milion de lei, după ce s-a constatat că a  fost hărțuită și urmărită ilegal de procurori în așa-numitul dosal al referendumului, în perioada guvernării lui Vladimir Plahotniuc. Invocând aspectul proporționalității despăgubirilor, Instituțiile au contestat hotărârea instanței de fond, prin care s-a dispus încasarea din contul bugetului de stat a 800 de mii de lei pentru daunele morale provocate Domnicăi Manole. Totuși, apelanții au la dispoziție 15 zile să-și motiveze mai temeinic cererile de apel.

În data de 31 mai 2016, membrii Consiliului Superior al Magistraturii (CSM) au dat acordul ca Domnica Manole, pe atunci magistrată a Curţii de Apel Chişinău, să fie cercetată penal pentru că a adoptat o hotărâre prin care a obligat Comisia Electorală Centrală (CEC) să iniţieze referendumul republican privind alegerea preşedintelui ţării de către cetăţeni, la iniţiativa Platformei Demnitate şi Adevăr. Împotrivă s-au pronunţat trei membri: Dumitru Visternicean, Vera Toma şi Tatiana Răducanu. Potrivit sesizării depuse la CSM de către procurorul general din perioada respectivă, Eduard Harunjen, judecătoarea era învinuită de emiterea unei decizii ilegale şi depăşirea competenţelor prin faptul că şi-a permis interpretarea Constituţiei.

Iniţiativa privind organizarea unui referendum prin care să fie modificată Constituţia, iar şeful statului să fie ales de către popor a fost respinsă de Comisia Electorală Centrală pe 30 martie, după ce un grup de iniţiativă condus de Platforma Demnitate şi Adevăr a depus la CEC 400.000 de semnături în susţinerea plebiscitului. În scurt timp, grupul de iniţiativă a depus o cerere de chemare în judecată a CEC, iar la 14 aprilie 2016 Domnica Manole a emis o hotărâre prin care a dispus anularea hotărârii CEC şi iniţierea referendumului republican constituţional.

Comisia a contestat decizia adoptată de Domnica Manole la Curtea Supremă de Justiţie care, la sfârşitul lunii martie 2017, a dispus casarea hotărârii emise de Domnica Manole. Din sesizarea prin care Harunjen cere CSM eliberarea acordului de pornire a urmăririi penale reiese că, la judecarea cauzei, CSJ a stabilit interpretarea eronată a legii de către magistrata Curţii de Apel şi depăşirea competenţelor sale prin interpretarea Constituţiei. 

După retragerea PDM de la guvernare, Domnica Manole a fost achitată în dosarul penal în care era acuzată de pronunțarea unei hotărâri ilegale în „dosarul referendumului”. Decizia a fost luată după ce procurorul pe caz, Eugen Rurac, a renunțat la învinuire, în urma audierii martorilor apărării.