Republica Moldova a fost protagonista mai multor scandaluri legate de navele sub pavilionul nostru, care au fost arestate pentru transportul de muniții, droguri, migranți și substanțe radioactive. Moldova are o reputație rea la nivel mondial, deoarece nu poate controla flota înregistrată. Iar în prezent, în pofida modificării legislației, în continuare persistă situația în care în Moldova se poate de înregistrat nave neconforme. 

Prin Legea nr. 216 din 09.12.2021 au fost efectuate modificări la Legea nr. 599 pentru aprobarea Codului navigației maritime comerciale al Republicii Moldova. Conform autorului Legii nr. 216, deputatul Marian Radu, „Modificările legislative prezentate, vor crea în premieră un mecanism real de control al navelor maritime sub pavilion moldovenesc. Astfel, doar societățile internaționale de clasificare a navelor care dețin recunoașterea UE vor fi recunoscute de Republica Moldova și implicit, vor realiza clasificarea, inspecția și controlul navelor moldovenești. În practică, acest fapt semnifică că armatorii și companiile navelor care în prezent navighează sub pavilionul național, vor trebui să le prezinte spre examinare tehnică acestor societăți recunoscute de RM si UE, care în urma verificărilor riguroase vor admite spre exploatare doar navele care corespund cerințelor minime de siguranță”.

Potrivit informațiilor din 2023 ale Agenției navale, sub pavilionul Republicii Moldova este înregistrată doar o singură navă, iar recent, la o emisiunea de la „Europa Libera” administrația navală a informat că sub pavilionul Republicii Moldovei sunt înregistrate deja 65 de nave. Totodată, autoritatea navală nu a anunțat că a încheiat acorduri cu societățile de clasificare, deci acordarea pavilionului Republicii Moldova poate fi făcut în baza Legea nr. 599 din 30.09.1999. Astfel, înseamnă că în Moldova se poate de înregistrat nave neconforme, cu posibilitatea ascunderii datelor despre existența acestora în catalogul naval, fără a face mențiuni în registrul naval.