Judecătoria Chișinău, sediul Centru, a dispus încasarea unor penalități de aproape jumătate de milion de lei de la compania FlyOne, care aparține fostului deputat democrat Vladimir Cebotari, fost vicepreședinte PDM, dar și ministru al Justiției. Asta, după ce Autoritatea Aeronautică Civilă (AAC) a acționat în judecată compania, cerând achitarea unor plăți pentru perioada 20 martie  – 23 iulie 2019. Decizia este cu drept de apel în termen de 30 de zile de la data pronunțării dispozitivului.

Judecătorul Andrei Ojoga a admis, în parte, cererea de chemare în judecată depusă de AAC și a dispus încasarea de la SRL Fly One, în beneficiul statului, la contul trezorerial al Autorității Aeronautice, a sumei de 458 233,14 lei, cu titlu de penalitate. Totodată, compania a fost obligată să plătească peste 13 mii de lei taxa de stat.

AAC declara, în iulie 2022, că i-ar putea retrage Companiei aeriane „FlyOne” actele de zbor. Asta, după ce mai multe curse au fost anulate, iar pasagerii au rămas blocați în sălile de așteptare ale aeropoartelor, fără a li se oferi mâncare și hotel. Ulterior, AAC a suspendat 23 din cele 38 de autorizații acordate la începutul anului companiei.

Anticoruptie.md a relatat în repetate rânduri despre interesele ascunse și schemele de protecție în jurul companiei „FyOne”, chiar de la fondarea sa. Firma, înregistrată în 2015, o avea printre fondatori pe Maria Cebotari, soţia fostului ministru al Justiţiei, Vladimir Cebotari, în timp ce sora acestuia, Mariana Tăbuică, ar fi fost director executiv. În 2016, ministrul a confimat că familia sa a pornit o nouă afacere şi că e doar o modalitate de a se întreţine. "Exact ca şi oricare cetăţean al acestei ţări, şi eu mă confrunt cu probleme", susţinea funcţionarul cu un venit lunar din activitatea ministerială de circa 16.000 de lei. 

În 2017, compania aeriană FlyOne s-a pomenit în centrul unui scandal după ce o aeronavă de pe cursa Heraklion-Chișinău a făcut cale întoarsă din cauza unor defecțiuni tehnice. În timp ce pasagerii au așteptat zile în șir soluții de la operatorul aerian, mai mulți clienți s-au plâns pe rețelele de socializare pe problemele cu care s-au ciocnit pe diferite curse operate de FlyOne.